المجهر الإلكتروني النافذ والذي يرمز له اختصاراً هي تقنية مجهرية يستخدم فيها حزمة من الإلكترونات التي تنفذ خلال عينة فائقة الرقة، حيث تحدث عملية التآثر بينها خلال مرورها، مما يؤدي إلى ظهور صورة تخضع لعملية تضخيم وتركيز على أجهزة تصوير مثل شاشات مفلورة أو على فيلم فوتوغرافي أو أن تقاس بكاميرا ذات جهاز مزدوج الشحنة CCD.
إن المجاهر الإلكترونية النافذة لها دقة أعلى بكثير من المجاهر الضوئية نتيجة الموجة المادية الصغيرة للإلكترونات، مما يمكّن المستخدم من فحص تفاصيل العينة بشكل دقيق إلى درجة صف من الذرات وذلك بشكل يبلغ عشرة آلاف مرة قدرة تكبير مقارنة مع المجهر الضوئي. يمثّل المجهر الإلكتروني النافذ TEM وسيلة تحليل أساسية في العديد من فروع العلوم الطبيعية مثل علم المواد وأبحاث أشباه الموصلات بالإضافة إلى العلوم الحيوية مثل علم دراسة الفيروسات وأبحاث السرطان.
بني أول مجهر إلكتروني نافذ من قبل المهندسين الألمانيين ماكس كنول Max Knoll و إرنست روسكا عام 1931.